Đảng Hành động Nhân dân ban đầu tuân theo kiểu một tổ chức đảng Leninist truyền thống, với lực lượng tiên phong từ những nhà hoạt động trong phong trào công nhân và hoạt động theo nguyên tắc tập trung dân chủ. Ban chấp hành Đảng sau đó trục xuất phái tả khuynh vào năm 1958, đưa ý thức hệ cơ bản của đảng chuyển sang trung dung, và sau đó trong thập niên 1960 thì chuyển xa hơn về hữu khuynh. Vào lúc đầu, có khoảng 500 "cán bộ nòng cốt lâm thời" được bổ nhiệm[6] song hiện nay không rõ về số lượng cán bộ nòng cốt và đăng ký cán bộ nòng cốt được giữ trong bí mật. Năm 1988, Hoàng Căn Thành tiết lộ rằng có trên 1.000 cán bộ nòng cốt. Các thành viên nòng cốt có quyền tham dự các đại hội đảng và bầu cử cùng ứng cử vào Ban Chấp hành Trung ương (CEC), thể chế tối cao của đảng. Để trở thành một cán bộ nòng cốt, một đảng viên đầu tiên cần phải được nghị viên trong chi bộ đề cử. Ứng cử viên sai đó trải qua ba phiên phỏng vấn, mỗi phiên với bốn hoặc năm bộ trưởng hoặc nghị viên, và sau đó được Ban Chấp hành Trung ương bổ nhiệm. Khoảng 100 ứng cử viên được đề cử mỗi năm.[7]

Quyền lực chính trị trong đảng tập trung tại Ban Chấp hành Trung ương (CEC), do Tổng Bí thư lãnh đạo, nhân vật này là thủ lĩnh của đảng. Do Đảng Hành động Nhân dân thắng cử trong mội kỳ tổng tuyển cử kể từ năm 1959, Thủ tướng Singapore luôn là Tổng bí thư của Đảng Hành động Nhân dân kể từ đó. Hầu hết thành viên của Ban chấp hành Trung ương cũng là các thành viên nội các. Từ năm 1957 trở đi, quy tắc được đưa ra là Ban chấp hành Trung ương sắp mãn nhiệm sẽ tiến cử một danh sách các ứng cử viên, từ đó các thành viên nóng cốt có thể bỏ phiếu bầu Ban chấp hành Trung ương khóa tới. Điều này bị cải biến gần đây khi Ban Chấp hành Trung ương đề cử tám thành viên và hội nghị đảng đoàn chọn mười thành viên còn lại.

Trên phương diện lịch sử, vị trí Tổng bí thư không đương nhiên là giữ chức Thủ tướng. Thay vào đó, Ban Chấp hành Trung ương tổ chức một cuộc bầu cử để lựa chọn Thủ tướng. Từng có một cuộc tranh đua giữa Tổng bí thư Lý Quang Diệu và thủ quỹ ngân sách của PAP là Vương Vĩnh Nguyên. Lý Quang Diệu giành chiến thắng và trở thành thủ tướng đầu tiên của Singapore.[8] Kể từ đó, theo truyền thống thì thủ tướng của Singapore là tổng bí thư của Đảng.

Ban cấp dưới là Ban Chấp hành HQ (HQ Ex-Co), thi hành quản lý đảng và giám sát 12 phân ban.[9]:

1. Bổ nhiệm và quan hệ chi bộ
2. Quan hệ cử tri
3. Thông tin và phản hồi
4. Truyền thông mới
5. Sự vụ người Mã Lai
6. Tuyển mộ đảng viên và Lựa chọn cán bộ nòng cốt
7. Khen thưởng Đảng Hành động Nhân dân
8. Giáo dục chính trị
9. Công khai và Xuất bản
10. Xã hội và Giải trí
11. Phụ nữ
12. Thanh niên